对偷税罪的刑罚适用原则大体包括以下四个方面：
1、分层次处罚
针对偷悦数额的不同，本条分别规定了两个层次的量刑幅度。第一层次是，“偷税数额占应纳税额的10%以上并且偷税数额在1万元以上的，或者因偷税被税务机关给予二次行政处罚又偷税的，处三年以下有期徒刑或者拘役”第二层次是，：偷税数额占应纳税额30%以上并且偷税数额在10万元以上的，处三年以上七年以下有期徒刑“不同层次的偷税数额只能在本层次量刑幅度内判处，不能任意跨越;否则将造成量刑畸轻或畸重的后果。
2、对自然人偷税并处罚金
针对偷税犯罪行为的贪利性特征，本条对自然人犯罪主体在各层次量刑幅度内，除规定判处有期徒刑或者拘役的自由刑外，一律规定了“并处偷税数额五倍以下的罚金”。其立法精神是，主刑和附加刑必须同时判处，不具有选择性，以防止偷税人在经济上占便宜。
3、对单位犯偷税罪采取双罚制
即对单位判处罚金，并同时对单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本条的规定处罚。在司法实践中、对单位判处罚金后，--般对单位的责任人员只判处自由刑，而不再并处罚金，这种作法是否符合立法精神，尚有待进一步讨论。
4、对多次偷税的违法行为累计数额合并处罚
本条第3款对此作了明确规定。按照刑法理论，行为人在一定时期内多次实施偷税违法犯罪行为未经发现，或虽发现但未经处罚的，均应视为犯罪行为的连续状态，其犯罪数额应当累计计算，按一罪合并处罚，不适用数罪并罚。反之，如行为人多次或某一次偷税违法行为已经过税务或司法机关处罚，则不应再将此数额累计计算合并处罚。
偷税罪是结果犯，它必须达到法定结果才能成立。
法定结果(即偷税罪成立的最低标准)有两个：其一，偷税数额达一万元以上，且占应纳税额的百分之十;其二，行为人因偷税受到两次行政处罚。这两点呈并列关系，行为人只要具备其中一点，即可构成偷税罪。第一点要求行为人既要达到“一万元”这一绝对数额标准，又要达到“百分之十”这一相对比例标准。即我们通常所说的“数额加比例”标准。
第二点所要求的“两次行政处罚”标准是一项富有特色的规定。凡经济犯罪，定罪量刑几乎皆以犯罪数额为依据，这是经济犯罪的损失时以数额表示的特性使然，偷税罪作为--种经济犯罪，在为其规定了定罪量刑的数额标准后、又为其特设了一个“两次行政处罚”的标准，亦可说是“补充规定”的一项创举。该规定实际上确立了一项“依据数额，不唯数额”的定罪量刑原则，而对行为人的一贯表现给予考虑，行为人在实施偷税犯罪行为以前，曾因偷税而受到两次行政处罚，这一事实说明行为人的主观恶性比较严重的。所谓税务机关的行政处罚，即指罚款。《税收征收管理法》第四十条规定，行为人实施了偷税行为，但却未达到“一万元”及“百分之十”这一双项标准，即不构成偷税罪，可由税务机关对该行为人处以偷税数额五倍以下的罚款，司法实践中，有些纳税人“大偷没有，小偷不断”，即经常偷税，但都未达到法定标准，以此来逃避刑事制裁，实际上是钻法律的空子。(必须明确，“小偷”数额累计达到一万元和应纳税的百分之十者，也满足法定要求条件，而不应视为一次性计算。)“两次行政处罚”的规定，给偷税人划了一条“事不过三”的定罪界限，只要行为人曾因偷税受到过两次行政处罚，再实施新的偷税行为时，不管数额是否达到“数额加比例”标准，都可以认定为偷税罪。这一规定将行政处罚与刑事处罚紧密地联系起来，它把对犯罪结果的考察追溯到行为人的先前行为，进行动态的考察，体现了刑罚个别化原则。
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